את הפרגולה ניתן לייצר ממגוון סוגי עץ, ובישראל העצים הפופולאריים ביותר לבניית פרגולות הם עץ אורן שצבעו חום בהיר, עץ גושני שצבעו לבן עד צהבהב ועץ סידר (ארז) בגוון אדמדם. הפרגולה תורמת למראה כפרי מרהיב ביופיו לחצר, לגג או למרפסת ומאפשרת לנו ליצור פינת ישיבה נעימה ומרגיעה תחתיה.
עלות הפרגולה הינה נמוכה בגלל היותה בניה קלה, המחיר משתנה בהתאם לסוג העץ הנבחר ובהתאם לעיצוב הנדרש וגודל ההצללה. כדי להוזיל עלויות ניתן לבחור בפרגולה המיוצרת מעץ אורן, האורן נחשב לבחירה פופולארית בארץ בגלל מחירו הנמוך יחסית והוא מתאפיין גם במראה עדין ונעים יותר יחסית לעצים אחרים. עץ גושני מאופיין במראה טבעי ופראי יותר והוא בעל נוכחות בולטת ומרשימה. העץ הגושני חזק ועמיד במיוחד בגלל העובי והרוחב שלו אך מחירו יקר יותר בהשוואה לאורן וסוגי עץ אחרים.
כמו כן, ניתן לבנות פרגולה יפה ועמידה מעץ ארז. יש מגוון רחב של סוגי עץ ארז, לכן חשוב לקבל ייעוץ מקצועי על מנת לבחור נכון. עץ ארז נחשב לעמיד בפני התפתחות ריקבון כתוצאה מגשם ולחות, והוא גם עמיד יחסית בפני חרקים המזיקים לעץ. עם זאת, הארז נחשב יחסית לחלש בגלל רמת דחיסותו, לכן חשוב לבחור קורות חזקות העשויות מליבת העץ.
כמו כן ישנם מקרים בהם תרצו לעשות שימוש בסגירת חורף לפרגולה וניתן לעשות זאת בקלות ובמחירים משתלמים.
בישראל נהוג לבנות פרגולות מעצי אורן, אשוח, אלון, דגלאס, עץ רב שכבתי ומעוד מגוון גדול של סוגי עצים. מאחר ומחירם של עצי אורן ואשוח נמוך בהשוואה לעצים אחרים הפכו אלה לפופולאריים ולנפוצים ביותר לבניית פרגולות בישראל. מי שמעוניין בפרגולה עמידה וחזקה יותר יכול לבחור בעץ דגלאס או עץ אלון, שמחירם משמעותית גבוה יותר, לכן הם פחות נפוצים לבניית פרגולות בארץ.
חשוב לזכור כי לכל עץ יש תכונות שונות, לכן העצים לפרגולה נבדלים בעמידותם לאורך זמן, מידת החוזק, גמישות, נוחות העבודה, עמידות בפני חרקים וטפילים, עמידות בפני ריקבון הנוצר מלחות וגשם וישנם הבדלים נוספים, לרבות מחיר העץ. לכן, לפני קבלת החלטה על סוג העץ חשוב לפנות לחברה מקצועית המעניקה הסברים על העצים השונים ועל הפתרונות הקיימים, בהתאם לצרכי ודרישות הלקוח ועל פי תקציבו.